虫食い箇所が黒っぽく見えるのは、

生地の表面の光沢加工が食べられているからです。

物理的に穴を塞ぐことは可能ですが、

光沢の完全復元はできないため同じように黒っぽく見えてしまいます。

穴が小さい場合は下手に触らず現状維持の方が良い場合もあります。

(千葉県S様　ありがとうございました。)